MongoDB Replica Set, Raft benzeri bir konsensüs algoritması kullanır. Birincil düğüm electionTimeoutMillis (varsayılan 10 saniye) boyunca kalp atışı (heartbeat) göndermezse ikincil düğümler oylama başlatır.
Bir düğümün Primary seçilebilmesi için oy hakkına sahip düğümlerin salt çoğunluğunu (N/2 + 1) alması ve en güncel oplog kaydına sahip olması şarttır. Ağ bölündüğünde azınlıkta kalan eski Primary yazma kabulünü durdurarak read-only moda geçer.